機構自主化管理內部人員權限，採用「機構代表→ 機構管理者 → 機構使用者」架構，說明如下：(詳細請參閱文件：CMS_Internet_Prepare.pdf)

   首次使用，透過機構代表身分以「醫事機構卡」或「政府單位憑證卡」或「組織及團體憑證卡」登入後，執行「機構管理者維護作業」 ，管理者才可使用本網站服務。

  由機構管理者持「自然人憑證」或「健保卡」或「醫事人員卡」登入後，執行下列作業，使用者才可使用本網站服務：

1.執行「健保服務申請作業」。

2.使用「機構使用者維護作業」，設定機構使用者。

3.使用「使用者授權管理作業」，設定使用者可使用之健保服務。