機構自主化管理內部人員權限，採用「機構代表→ 機構管理者 → 機構使用者」架構，說明如下：(詳細請參閱文件：)

   首次使用：先進行藥商帳號線上新增作業，郵寄申請表至本署，本署審核通過，即開啟申請藥商之藥商代表權限。

  透過機構代表身分以「工商憑證卡」或「政府單位憑證卡」或「組織及團體憑證卡」登入後，執行「機構管理者維護作業」，管理者才可使用本網站服務。

  由機構管理者持「自然人憑證」或「健保卡」 登入後，執行下列作業，使用者才可使用本網站服務：

1.機構使用者維護作業：設定機構使用者。

2.使用者授權管理作業：設定使用者可使用之健保服務。